Európska komisia je inštitúciou EÚ zodpovednou za navrhovanie legislatívnych aktov EÚ. Do jej pôsobnosti patrí aj legislatívny rámec súvisiaci s implementáciou finančných nástrojov financovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov. SIH pravidelne komunikuje s Európskou komisiou vo veci právneho výkladu a návrhov na zefektívňovanie legislatívneho rámca pre finančné nástroje ako aj vo veci implementácie centrálnych finančných nástrojov EÚ, vrátane Európskeho fondu pre strategické investície.
SIH je v najužšom kontakte s nasledovnými orgánmi Európskej komisie:
Generálne riaditeľstvo pre regionálnu a mestskú politiku REGIO
Generálne riaditeľstvo pre vnútorný trh, priemysel, podnikanie a malé a stredné podniky GROW